W 1933 roku bp Franciszek Lisowski ustanowił w Żegiestowie Zdroju stałą placówkę duszpasterską wraz z drewnianą kaplicą w Wierchomli - teren obecnego kamieniołomu. W lipcu 1934 roku mianował pierwszego proboszcza ks. Józefa Skwiruta, który pełnił tę funkcję do października 1945 roku.
13 października 1945 roku kolejnym proboszczem został mianowany ks. Wojciech Zygmunt. 1 września 1948 roku został aresztowany i uwięziony prze UB za wytknięcie nieludzkich zachowań wobec ludności łemkowskiej oraz kontakty z ks. Władysławem Gurgaczem który był kapelanem Polskiej Podziemnej Armii Niepodległościowej.
Opiekę nad parafią pełnili księża z dekanatu wraz z proboszczem z Milika ks. Adamem Stachoniem.
13 lipca 1949 roku proboszczem został ks. Józef Drożdż, który zrezygnował z urzędu
15 października 1979 roku.
Biskup ordynariusz Jerzy Ablewicz ze względu na zmiany administracyjne, ustanowił Rektorat w Żegiestowie-Zdroju a siedzibę parafii przeniósł do Żegiestowa.
Pierwszym proboszczem rezydującym w Żegiestowie był mianowany dekretem z 4 stycznia 1980 roku ks. bpa Ordynariusza Jerzego Ablewicza ks. Andrzej Rakoczy który był wikariuszem w tej parafii od 1977 roku.
Od 15 sierpnia 2010 proboszczem był ks. mgr Sławomir Gulik.
Decyzją bp Andrzeja Jeża został przeniesieny do parafii św. Stanisława Biskupa i Męczennika w Wilczyskach.
Nowym proboszczem mianowany został ks. mgr Krzysztof Dynarowicz, który funkcję tę sprawuje od 17 sierpnia 2014. .